Dalam dunia akademik, ia mengajar sebagai
dosen di Fakultas Pasca Sarjana IAIN Jakarta sejak tahun 1990, di Fakultas Pasca Sarjana Universitas Indonesia sejak 1992, serta di
Sekolah Tinggi Filsafat (STF) Driyarkara sejak 1993.
Tak hanya mengajar, Komaruddin juga aktif dalam dunia penerbitan dan penelitian. Ia menjadi anggota Dewan Redaksi majalah Ulumul Qur`an sejak 1991, Dewan Redaksi Jurnal Studia Islamika sejak 1994, serta Dewan Editor dalam penulisan Encyclopedia of Islamic World. Selain itu, ia juga menjabat sebagai Direktur Pusat Kajian Pengembangan Islam Kontemporer di UIN Syarif Hidayatullah Jakarta sejak 1995.
Karya Tulis Komaruddin Hidayat
Selain itu Komaruddin Hidayat meliliki karya tulis diantaranya ,emahami Bahasa Agama (1996) (liberal), Masa Depan Agama (1995), Tragedi Raja Midas (1998), Tuhan Begitu Dekat (2000), Wahyu di Langit, Wahyu di Bumi (2002), Menafsirkan Kehendak Tuhan (2003), Psikologi Kematian (2005), psikologi beragama, Path of Life, Menanam Kebajikan Dalam Setiap Langkah (2014), Iman yang Menyejarah (2018).
Komaruddin Hidayat menggantikan Ninik Rahayu sebagai Ketua Dewan Pers sebelumnya yang masa jabatannya telah habis.
Berikut Susunan pengurus Dewan Pers Periode 2025-2028:
Ketua: Komaruddin Hidayat
Wakil Ketua: Totok Suryanto
Komisi Pengaduan dan Penegakan Etika Pers Ketua: Muhammad Jazuli
Komisi Hukum dan Perundang-undangan
Ketua: Abdul Manan
Komisi Pendidikan, Pelatihan, dan Pengembangan Profesi
Ketua: Busyro Muqoddas
Komisi Kemitraan Hubungan Antarlembaga
Ketua: Rosarita Niken Widiastuti
Komisi Penelitian, Pendataan, dan Ratifikasi
Ketua: Yogi Hadi Ismanto